Преобладаващата група в бентосните проби се оказаха кремъчните водорасли (едноклетъчни, микроскопични водорасли със симетрична стъклоподобна черупка), които са много подходящи за определяне качеството на водата в реки. Срещат се също и представители на синьозелените и зелените водорасли. В пробите са установени 15 вида макрофитни водорасли (видими с невъоръжено око) от родовете: Oscillatoria, Phormidium (от синьозелените водорасли), Hildenbrandia (от червените водорасли), Vaucheria (от жълтозелените водорасли), Cladophora, Oedogonium (от зелените водорасли), Spirogyra, Mougeotia, Zygnema (от т. нар. жабуняци) и Chara (от харовите водорасли).С консервационна значимостот установените макрофитни водорасли според Закона за биологичното разнообразие са двата вида харови водорасли: Charavulgarisvar. vulgarisиC.hispidavar. major, както и местообитанията в които се срещат (код 3140 от списъка с местообитания по Натура 2000). Те бяха намерени съответно в потока Наково кладенче и в естуара на р. Силистар. Популацията в находището Наково кладенче беше върху изключително малка площ от около 2 кв. м, а тази в р. Силистар – много по-голяма. И двете находища се намират в непосредствен контакт със силно посещавани през лятото туристически места и са в състояние на потенциален риск от изчезване поради: еутрофизация и замърсяване - това в р. Силистар и поради строителни дейности и корекции на речното коритото - това в Наково кладенче (поради много малката си площ). Там непосредствено до коритото на потока бе построен паркинг и бяха изхвърляни на купчини пръст и строителни отпадъци. Ако това продължава те ще се свлекат в коритото и ще засипят находището на хара, което вероятно е било по-голямо. Необходимо е през вегетационния период да се провери течението нагоре и надолу, както и околните подобни реки и потоци, повечето от които бяха пресъхнали при посещението през август. 

Харовите водорасли формират гъсти подводни ливади по тинесто и тинесто-песъчливо дъно, които покриват частично или по-рядко изцяло дъната на водните басейни на дълбочина 0-2 м (рядко до 5 м). Преобладават във варовити и карстови райони. Понякога частично или изцяло изчезват в резултат на пресъхване, но са с добри възобновителни способности. При възстановяване на стари водни басейни и влажни зони на местата, където са се срещали преди започват да се развиват отново, дори след много години. 

 Друг установени вид с консервационна значимост е Hildenbrandia rivularis, въпреки, че не е включен в някакви нормативни документи. Това е едно от малкото и редки сладководни червени водорасли. Hildenbrandia rivularisсе забелязва като ярко червени петна по сенчести камъни в чисти реки и потоци, които не са (или са слабо) подложени на антропогенно влияние. Видът бе установен в две находища – в р. Велека при с. Бродилово и в р. Младежка над с. Младежко (над басейните). Популацията в находището при Младежко бе изключително плътна и добре развита – големи червени кори по повечето камъни, което вероятно се дължи както на подходящите условия, така и на липсата на замърсяване и еутрофизация. Тези два фактора, както и механичното разрушаване на речното корито (напр. изгребване на баластра, преминаване на МПС) са основните потенциални заплахи за популациите на Hildenbrandia rivularisпо принцип, които трябва да се имат предвид при опазване на находищата на вида.